Trochę czepianie się z mojej strony Ale mysqltunner polega na statystykach/ustawieniach serwera, to znaczy jak sobie odpalę go to on nie wykona miliona query i zmierzy czas ich wykonania tak żeby autor mógł jest porównać z poprzednim miesiącem. Druga sprawa, wystarczy restart serwera mysql żeby tunner zwrócił nie do końca wiarygodne rady.
Do diagnostyki baz, jak najbardziej ale sam w sobie nie wykonuje benchmarku MySQL.